أكدت الأبحاث العلمية أهمية نبات الزعتر وفوائده الطبية فى شفاء كثير من الأمراض ومن أهمها:

أمراض الجهاز التنفسى: مثل السعال الديكى والالتهابات الشعبية والربو، وفى هذه الحالة يعمل الزعتر على تلين المخاط الشعبى مما يسهل طرده للخارج كما يهدئ الشعب الهوائية ويلطفها. وإن مغلى الزعتر الممزوج بالعسل يعطى نتائج ممتازة فى حالة التهابات الشعب التنفسية.

تقوية الجهاز المناعى: حيث يحتوى نبات الزعتر على مواد شديدة تعمل على تقوية الجهاز المناعى لدى الإنسان ويساعد على زيادة فعاليته إضافة بعض المكونات الأخرى مثل غذاء الملكات وحبة البركة والزنجبيل وكذلك إذا استخدم مع الثوم وحبة البركة والعسل، كما يحتوى على بعض المواد شديدة الفاعلية، حيث يحتوى على مواد لها خاصية مسكنة للألم ومطهرة ومنشطة للدورة الدموية. كما ينشط الزعتر كل الوظائف المضادة للتسمم، ويسهل إفراز العرق، ويدر البول. والزعتر يحتوى على مواد راتنجية مقوية للعضلات وتمنع تصلب الشرايين ويعمل على توسيع الشرايين وتقوية عضلات القلب ويعالج التهابات المسالك البولية والمثانة ويشفى من مرض المغص الكلوى ويخفض الكوليسترول.

فاتح للشهية: الزعتر يعمل على تنبيه المعدة وطرد الغازات ويمنع التخمرات ويساعد على الهضم وامتصاص المواد الغذائية وطرد الفطريات من المعدة والأمعاء إلى جانب أنه يزيد الشهية لتناول الطعام فهو يحتوى على مادة الثيمول التى تعمل على قتل الميكروبات وتطرد الطفيليات من المعدة إضافة إلى مادة "الكارفكرول" وهى مسكنة ومطهرة وطاردة للبلغم ومضادة للنزيف والإسهال، أضف إلى أن الزعتر ملطف للأغذية وإذا وضع مع الخل لطف اللحوم وأكسبها طعما أفضل.

ويعد الزعتر أيضا طاردا للديدان، فقد أثبتت التجارب العلمية أن زيت الزعتر يقتل الأميبا المسببة للدوسنتاريا فى فترة قصيرة ويبيد جراثيم القولون. وهو يزيد فى وزن الجسم لأنه يساعد على الهضم وامتصاص المواد الدهنية.
ويحب أن نضيف أن الزعتر قد يسبب الإمساك (القبض) أحيانا فيفضل أخذه مع زيت الزيتون.
مضاد للأكسدة: وذكر أن الزعتر يحتوى أيضا على مواد مضادة للأكسدة مما يمكن الاستفادة منه بإضافة زيت الزعتر إلى المواد الغذائية المعلبة مثل (علب السمن) ليمنع الأكسدة بدلا من إضافة مواد صناعية قد تضر بصحة الإنسان.

منبه للذاكرة: ويؤكد السلف السابق على أهمية تناول الزعتر كسندويش مع زيت الزيتون صباحا وقبل الذهاب إلى المدرسة للاعتقاد بأن الزعتر منبه للذاكرة ويساعد الطالب على سرعة استرجاع المعلومات المختزنة وسهولة الاستيعاب.

علاج اللثة ووجع الأسنان: حيث إن مضغه يقلل من ألم الأسنان والتهابات اللثة خاصة إذا طبخ مع القرنفل فى الماء، ثم ينصح بالتمضمض به بعد أن يبرد. كما أنه يقى الأسنان من التسوس وخاصة إذا مضغ وهو أخضر.